An der Gemeindeversammlung vom 14. Dezember 1998 wurde der Beitritt Hünenbergs zur Schweizerischen Vereinigung für den Rat der Gemeinden und Regionen Europas beschlossen und der Gemeinderat ermächtigt, mit einer europäischen Stadt oder Gemeinde eine Partnerschaft einzugehen. Beim 25-Jahre-Jubiläum der Pfarrei Hünenberg kam die Idee einer gemeinsamen Partnergemeinde für Einwohnergemeinde, katholische Pfarrei und evangelisch-reformierte Kirche auf. Gemeinsam entschied man sich, eine geeignete Partnergemeinde oder -stadt in Ostmitteleuropa zu suchen und wurde nach intensiven Abklärungen in Banská Štiavnica fündig. Nach gegenseitigen Besuchen beschloss der Gemeinderat im Juni 2003, mit dieser Stadt im Herzen der Slowakei eine offizielle Partnerschaft einzugehen. Am 19. Juni 2004 fand in Hünenberg der offizielle Festakt zur Begründung der Partnerschaft mit Unterzeichnung der Partnerschaftsurkunde statt, Anfang September des gleichen Jahres – im Rahmen der „Salamandertage“, dem grossen Stadtfest von Banská Štiavnica – die Gegenzeichnung in der Slowakei. Regelmässig gibt es offizielle gegenseitige Besuche, und zahlreiche Hünenbergerinnen und Hünenberger kennen die Partnerstadt in der Mittelslowakei bereits aus eigenem Erleben. Die Schulen von Hünenberg und Banská Štiavnica stehen miteinander in Kontakt, und Jugendliche beider Gemeinden haben bereits die Gelegenheit erhalten, in Klassenlagern ihre Partnerstadt zu erkunden. Vielfältige kulturelle, musikalische, kulinarische und sportliche Veranstaltungen tragen zum Kitt der Partnerschaft bei. Banská Štiavnica ist auch immer wieder am Hünenberger Weihnachtsmarkt präsent.